Ailesinin hükümet ajanları tarafından öldürülmesi üzerine Aeon Flux (Charlize Theron) intikam almaya yemin eder. Mükemmel topluma karşı mücadele verilen savaşın ön cephelerinde yer almış iyi eğitimli bir kadın asker olan Aeon, mükemmel hayat denilen kavramın arka planında mükemmel bir yalanın gizlenmekte olduğundan kuşku duyan az sayıda insandan birisidir.